1935 (昭和10) 年に五所川原市出身の画家・工藤正義の長男として大阪に生まれる。父、正義は東京美術学校卒業後、大阪の堺中学校で美術教師をしており、母、淑子も兵庫県の加古川女学校でやはり美術の教師をしていたが、戦争の激化とともに、青森に戻り、正義は青森師範学校で教鞭を取った。そうした環境下で哲巳は、幼時から絵を描きはじめる。
1945年、終戦後、父正義が亡くなると、五所川原市から弘前市に転居。中学三年の時、母の郷里岡山市に移り、新制の東京芸術大学に入学。
専門課程では林武の教室に籍を置くが、反発して授業には出ず、自らの制作の方向を模索する。物理学関係の概説書や、科学雑誌の鉱物の結晶や細胞の電子顕微鏡写真のカラー図版などに大きく影響をうける。
初期作品の点の集合である平面から、白や黄色のビニール紐を結び合わせてタワシに絡ませた立体作品へと展開し、第12回読売アンデパンダン展(1960年)の出品作≪増殖性連鎖反応(B)≫は、東野芳明により「ガラクタの反芸術」と評された。
1962年、第2回国際青年美術家展大賞副賞のヨーロッパ行きの切符で夫人とともに、パリにわたる。ショッキングな表現、猥褻な表現を組み合わせた作品でヨーロッパの不能化したヒューマニズムを攻撃した。1969年から一時帰国し、千葉県の南房総国定公園鋸山の岩壁に、巨大なレリーフ≪脱皮の記念碑(サナギ)≫を刻みつけるプロジェクトを行う。
その後パリに戻ると新たなテーマとして「環境汚染」をとりあげ、1970年頃から、「環境汚染―養殖―新しいエコロジー」と題された一連の作品を制作した。
1970年代後半には、一転して内省的、瞑想的な作品を制作し始める。1977年にサンパウロ・ビエンナーレ特別名誉賞受賞し、また同年にはパリ、ポンピドーセンター開館記念展に≪環境汚染、養殖、新しいエコロジー≫が出品されるなど、徐々に国際的な評価も高まっていった。
1980年、アルコール中毒治療のため入院する。1983年、帰国。弘前市にアトリエを構え、パリと津軽を往復するようになる。このころ、津軽凧、縄文をモチーフとした作品を制作。1986年、弘前市博物館における父正義の回顧展の開催に関わる。津軽文化褒章受賞(弘子夫人内助功労賞受賞)。翌1987年、母校の東京芸術大学教授に就任したが、すでに喉頭癌に冒されており、1990(平成2)年に死去。



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